Den første kjente bruken av kryptografi antas å være bruken av spesielle hieroglyfer for rundt 4000 år siden i det gamle Egypt. Elementer av kryptografi ble funnet allerede i inskripsjonene til det gamle og mellomstore riket, helt kryptografiske tekster har vært kjent siden perioden av XVIII-dynastiet. Hieroglyfisk forfatterskap, avledet fra piktografi, var fylt med ideogrammer, og som et resultat av mangelen på vokalisering gjorde det det mulig å lage fonogrammer i henhold til prinsippet om gåter.
Kryptografi av egypterne ble ikke brukt til å gjøre det vanskelig å lese, men snarere med skriftlæres ønske om å overgå hverandre i vidd og oppfinnsomhet, samt ved hjelp av uvanlighet og mystikk å trekke oppmerksomhet til tekstene deres. Et av de illustrerende eksemplene er tekstene til glorifisering av adelsmannen Khnumhotep II (XIX århundre f. Kr.) som ble funnet i en godt bevart grav nr. BH 3 i området Beni Hasan.
De gamle egypterne brukte minst tre krypteringssystemer.
I de gamle indiske tekstene, blant de 64 kunstene, er metoder for endring av teksten navngitt, noen av dem kan tilskrives kryptografiske. Forfatteren av nettbrettet med oppskriften for fremstilling av glasur til keramikk fra Mesopotamia brukte sjeldne betegnelser, utelatt bokstaver og erstattet navn med tall for å skjule det som ble skrevet. I fremtiden er det forskjellige referanser til bruk av kryptografi, de fleste refererer til bruk i militære anliggender.
Med bruk av fonetisk skriving ble skrivingen umiddelbart forenklet. I det gamle semittiske alfabetet i det andre årtusen f. Kr. var det bare rundt 30 tegn. De betegnet konsonanter, samt noen vokallyder og stavelser. Forenkling av skriving førte til utvikling av kryptografi og kryptering.
Eksempler på bruk av kryptografi finnes i de hellige jødiske bøkene, inkludert profeten Jeremias bok (6. århundre f. Kr.), der en enkel krypteringsmetode kalt atbash ble brukt. I stedet for den første bokstaven i alfabetet, skrev de den siste, i stedet for den andre - den næstsidste, og så videre.
En av de eldste kjente kryptografiske enhetene er skitala, også kjent som "chiffer of old Sparta". Skitala (eller scitala fra det greske σκυτάλη, wand) er en enhet som brukes til å utføre permutasjonskryptering. Skitalaen besto av en sylinder og en smal stripe pergament pakket rundt den i en spiral, som det ble skrevet en beskjed på. Denne enheten ble oppfunnet av Spartanerne og er kjent for å ha blitt brukt i krigen mot Sparta mot Athen på slutten av det 5. århundre f. Kr. e.
