Genetisk Analyse Av Vevsprøver Fra Mumier Som Finnes I Peru - Alternativ Visning

2024 Forfatter: Keith Bush | [email protected]. Sist endret: 2023-12-16 14:37

Rapporter om resultatene fra genetisk analyse av vevsprøver fra mumier som er funnet i Peru. Denne rapporten ble utarbeidet i november 2018.

Utøvere

• CEN4GEN-laboratorier (6756 - 75 Street NW Edmonton, AB Canada T6E 6T9) - Prøveforberedelse og sekvensering.
• ABRAXAS BIOSYSTEMS SAPI DE CV (Mexico) - dataanalyse.

Etter en foreløpig analyse for kvalitet ble 3 prøver tatt ut av 7 innsendte prøver for videre analyse.

Prøver for analyse

betegnelse	originalt navn	Betinget navn	Bilde
Ancient-0002	Neck Bone Med Sittende 00-12 Victoria 4	Victoria	Fig. 3.117
Ancient-0003	1 Hånd 001	Separat hånden med 3 fingre	Figur 3.118
Ancient-0004	Momia 5 - DNA	Victoria	Fig. 3.117

For disse prøvene ble følgende operasjoner utført:

Salgsfremmende video:

1. Ekstraksjon av DNA.
2. DNA-kvalitetskontroll.
3. DNA-multiplikasjon.
4. Opprettelse av DNA-bibliotek.
5. DNA-sekvensering.
6. Dannelse av rensede sekvenserte data.
7. Kvalitetskontroll.
8. Foreløpig analyse ved å legge over DNA leser på det menneskelige genom.
9. Analyse for isolering av kort DNA er typisk for gammelt DNA.
10. Overlegg av Ancient0003 DNA leser på eksisterende menneskelige genombiblioteker.
11. Mitokondrial analyse for påvisning av D-loop varianter og andre informative steder for bestemmelse av mitokondrielle haplotyper.
12. Bestemmelse av kjønn av prøver Ancient0003.
13. Identifisering av mulige fremmede organismer i prøver.
14. Analyse av DNA-databaser for å identifisere likheter med kjente organismer.

Figur 3.117. Trekker ut prøver fra Victorias nakke.

For å identifisere mulige typer organismer som er tilstede i prøvene Ancient0004 og Ancient0002 (Victoria), ble DNA-skissering utført (Ondov et al., 2016), der grupper av korte fragmenter, k-mers, ble sammenlignet med de tilgjengelige databasene. BBTools-programvaren ble brukt.

Følgende organismer ble testet:

1. Bakterie.
2. Virus.
3. Plasmider.
4. Fagene.
5. Sopp.
6. Plastid.
7. Kiselalger.
8. Menneskelig.
9. Bos Taurus.
10. H penzbergensis.
11. PhaseolusVulgaris.

12. Mix2: Etikett for følgende genomer:

    • Lotus japonicus chloroplast, komplett genom.
    • Canis lupus familiaris cOR9S3P olfaktorisk reseptorfamilie 9 underfamilie S pseudogen (cOR9S3P) på kromosom 25.
    • Vigna radiata mitochondrion, komplett genom.
    • Millettia pinnata kloroplast, komplett genom.
    • Curvibacter lanceolatus ATCC 14669 F624DRAFT_scaffold00015.15, hele genomets haglesekvens.
    • Asinibacterium sp. OR53 stillas1, haglgeværsekvens for hele genomet.
    • Bacillus firmus stamme LK28 32, helgen-haglegeværsekvens.
    • Bupleurum falcatum kloroplast, komplett genom.
    • Alicycliphilus sp. B1, haglgeværsekvens for hele genomet.
    • Bacillus litoralis stamme C44 Stillas1, helgenet haglegeværsekvens.
    • Chryseobacterium takakiae stamme DSM 26898, hele genomets haglesekvens.
    • Paenibacillus sp. FSL R5-0490.
    • Bacillus halosaccharovorans stamme DSM 25387 Stillas3, helgen haglgeværsekvens.
    • Rhodospirillales-bakterie URHD0017, shotgen-sekvens av hele genomet.
    • Bacillus onubensis-stamme 10J4 10J4_trimmet_contig_26, hele genomets haglesekvens.
    • Radyrhizobium sp. MOS004 mos004_12, hele genomets haglesekvens.
    • Bacillus sp. UMB0899 ERR1203650.17957_1_62.8, hele genomets haglesekvens.

13. Virveldyr: Etikett for følgende genomer:

    • Amblyraja-radiata_sAmbRad1_p1.fasta.
    • bStrHab1_v1.p_Kakapo.fasta.
    • bTaeGut1_v1.p_ZebraFinch.fasta.
    • GCA_000978405.1_CapAeg_1.0_genomic_CapraAegagrus.fna.
    • GCA_002863925.1_EquCab3.0_genomic_Horse.fna.
    • GCF_000002275.2_Ornithorhynchus_anatinus_5.0.1_genomic.fna.
    • GCF_000002285.3_CanFam3.1_genomic.fna.
    • Macaco_GCF_000772875.2_Mmul_8.0.1_genomic.fna.
    • rGopEvg1_p1_Gopherus_evgoodei_tortuga.fasta.
14. Protozoer.

Figur 3.118. Bilde og radiograf av to trefingrede hender.

Etter alle filtrene ble 27974521 lese for Ancient0002 og 304785398 leser for Ancient0004 mottatt. Dette viser at 27% av DNAet fra Ancient0002-prøven og 90% av DNAet fra Ancient0004-prøven ikke kan identifiseres med de analyserte organismenes DNA-prøver fra de tilgjengelige databasene.

Det neste trinnet i analysen ble utført ved hjelp av megahit v1.1.3-programvaren (Li et al., 2016). Følgende resultat ble oppnådd:

• Ancient0002: 60852 contigs, totalt 50459431 bp, min 300 bp, maks 24990 bp, gjennomsnitt 829 bp, N50 868 bp, 884.385 (5,39%) samlet leser.
• Ancient0003: 54273 contigs, totalt 52727201 bp, min 300 bp, maks 35094 bp, gjennomsnitt 972 bp, N50 1200 bp, 20 247,568 (65,69%) samlet leser.

Analyseresultatet er vist på figuren.

Figur 3.116. Forholdet mellom klassifiserte lesninger for 28073655 Ancient0002 leser (topp graf) og 25084962 Ancient0004 leser (bunngraf) i sammenligning med 34904805 DNA base som representerer 1109518 taksonomiske grupper.

Konklusjon

Som et resultat av analysen ble det vist at prøvene Ancient0002 og Ancient0004 (Victoria) ikke samsvarer med det menneskelige genom, mens prøven Ancient0003 tilsvarer godt det menneskelige.

Kommentar av Korotkov K. G

Legg merke til at den tre fingrede hånden tilhørte en stor skapning, sammenlignbar i størrelse med Maria, og resultatet oppnådd tilsvarer resultatet av Marias DNA-analyse. Victoria er en representant for "små skapninger", og resultatet viser at deres DNA ikke stemmer overens med noen moderne jordiske skapninger. Naturligvis har vi ikke data om gamle skapninger som har forsvunnet i løpet av millioner av år.

lenker

• Corvelo, A., Clarke, WE, Robine, N., & Zody, MC (2018). skattekart: omfattende og svært nøyaktig taksonomisk klassifisering av kortlest data på rimelig tid. Genome Research, 28 (5), 751-758.
• Gamba, C., Hanghøj, K., Gaunitz, C., Alfarhan, AH, Alquraishi, SA, Al-Rasheid, KAS, … Orlando, L. (2016). Sammenligning av ytelsen til tre gamle DNA-ekstraksjonsmetoder for sekvensering med høy gjennomstrømning. Molecular Ecology Resources, 16 (2), 459-469.
• Huang, W., Li, L., Myers, JR, & Marth, GT (2012). KUNST: en neste generasjons sekvenseringslesesimulator. Bioinformatikk, 28 (4), 593-594.
• Li, D., Luo, R., Liu, C.-M., Leung, C.-M., Ting, H.-F., Sadakane, K., … Lam, T.-W. (2016). MEGAHIT v1.0: En rask og skalerbar metagenome montering drevet av avanserte metoder og fellesskapspraksis. Metoder, 102, 3-11.
• Ondov, BD, Treangen, TJ, Melsted, P., Mallonee, AB, Bergman, NH, Koren, S., & Phillippy, AM (2016). Mos: rask estimering av genom og metagenom avstand ved bruk av MinHash. Genombiologi, 17 (1), 132.
• Schubert, M., Ermini, L., Der Sarkissian, C., Jónsson, H., Ginolhac, A., Schaefer, R., … Orlando, L. (2014). Karakterisering av gamle og moderne genom ved SNP-deteksjon og fylogenomisk og metagenomisk analyse ved bruk av PALEOMIX. Nature Protocols, 9 (5), 1056-1082.
• Weissensteiner, H., Forer, L., Fuchsberger, C., Schöpf, B., Kloss-Brandstätter, A., Specht, G., … Schönherr, S. (2016). mtDNA-Server: neste generasjons sekvenseringsdataanalyse av humant mitokondrielt DNA i skyen. Nucleic Acids Research, 44 (W1), W64-W69.
• Zhang, J., Kobert, K., Flouri, T., & Stamatakis, A. (2014). PEAR: en rask og nøyaktig Illumina Paired-End reAd fusjon. Bioinformatikk, 30 (5), 614-620.

Materiale levert av Konstantin Georgievich Korotkov (doktor i tekniske vitenskaper, professor, University of Information Technologies, Mechanics and Optics) og Dmitry Vladislavovich Galetsky (kandidat for medisinske vitenskaper, I. P. Pavlov første St. Petersburg State Medical University)