I 1531 var Francisco Pizarro den første som landet på kysten av det som nå er Ecuador. Der oppdaget han et imperium som strakk seg nesten tre tusen mil langs den vestlige kysten av Sør-Amerika. Det var inkaenes store imperium.
Befolkningen i dette imperiet var 16 millioner mennesker, det var større enn noen europeisk stat som eksisterte på den tiden. Imperiet var veldrevet. Hver borger jobbet, og statens korn var fulle av korn, slik at ingen var sulten, selv om det var en dårlig høst i noen provins. Gode veier førte til alle deler av landet, så nyheter og dekret nådde hver landsby.
Livet i Inca-imperiet ble fullstendig kontrollert, og alle var så lydige at det kanskje var grunnen til at imperiet kollapset. Da Pizarro invaderte imperiet med sine 180 soldater, brøt det ut en konflikt mellom inka-lederne Huascar og hans halvbror Atahualpa, som skulle være hersker. Atahualpa vant.
Pizarro fanget ham ved forræderi. Samtidig ble Huascar tatt til fange og drept. Da drepte Pizarro også Atahualpa. Inka-imperiet ble stående uten leder og kunne ikke motstå den spanske invasjonen.
De amerikanske indianerne var vant til å adlyde, men nå ble ordrene gitt av de spanske erobrerne. Spanjolene var interessert i Inka-gruvedriften for mineraler, så de tvang dem til å jobbe i gruvene. Jordbruk forsømte de. Mange indere døde av hardt arbeid og mangel på mat. Inka-imperiet falt i forfall.
Mange indere overlevde denne perioden, og deres etterkommere ble hovedbefolkningen i Andesfjellene i Ecuador, Peru og Bolivia.
